(1) Hyönteisten antimikrobiset peptidit: Hyönteiset muodostavat suurimman organismiryhmän, ja niiden tuottamien antimikrobisten peptidien määrä on valtava. Tähän mennessä on tunnistettu yli 200 tyyppiä hyönteisten antimikrobisia peptidejä kahdeksasta lahkosta, mukaan lukien Lepidoptera, Diptera, Coleoptera ja Odonata; erityisesti silkkiäistoukkasta (*Bombyx mori*) on eristetty 40 antimikrobista peptidigeeniä.
(2) Nisäkkäiden antimikrobiset peptidit: Nisäkkäiden antimikrobinen peptidi Cecropin P1 eristettiin ensimmäisen kerran sian ohutsuolesta vuonna 1989. Tällä hetkellä vähintään 18 tyyppiä on eristetty sioista, 30 lampaista ja 30 nautaeläimistä.
(3) Sammakkoeläinten antimikrobiset peptidit: Sammakkoeläimillä on paljas iho, joka palvelee useita tehtäviä. Niiden ihoeritteet sisältävät suuren joukon bioaktiivisia peptidejä, joilla on erilaisia biologisia vaikutuksia; useimmilla näistä on antimikrobisia ominaisuuksia. Ne edustavat ikivanhaa ja tehokasta luonnollisen suojan muotoa, ja ne luokitellaan yleensä antimikrobisiksi peptideiksi.
(4) Kaloista, nilviäisistä ja äyriäisistä peräisin olevat antimikrobiset peptidit: Pardaxin, 35-amino-happo-jäännöspeptidi, joka eristettiin Mooseksen merianturasta (*Pardachirusatus*) vuonna 1986, oli ensimmäinen antimikrobinen ominaisuus, joka eristettiin kalasta marmoripaattiin, peptidiammikationiin. -kierteinen rakenne, joka pystyy läpäisemään kalvon. Se toimii ionisena hermomyrkkynä, ja on kehitetty sarja johdannaisia peptidejä, joilla on voimakkaampi antimikrobinen aktiivisuus-ja pienempi hemolyyttinen aktiivisuus kuin melittiinillä.
(5) Kasvien antimikrobiset peptidit: Kasvit tuottavat myös antimikrobisia peptidejä, jotka ovat rakenteellisesti samanlaisia kuin hyönteisissä ja nisäkkäissä esiintyvät defensiinit; nämä tunnetaan kasvien defensiineinä. Useimmat kasvien antimikrobiset peptidit ovat erittäin aktiivisia kasvipatogeenejä vastaan, vaikka jotkut ovat myös myrkyllisiä gram{2}}positiivisille ja gramnegatiivisille bakteereille, sienille, hiivoille ja nisäkässoluille. Tioniinit olivat ensimmäiset antimikrobiset peptidit, jotka eristettiin kasveista.
(6) Bakteerien antimikrobiset peptidit: Tunnetaan myös nimellä bakteriosiinit, joihin kuuluu sekä kationisia että neutraaleja peptidejä, ja niitä erittävät sekä gram{1}}positiiviset että gram{2}}negatiiviset bakteerit. Bakteereista on tunnistettu neljän tyyppisiä antimikrobisia peptidejä: basitrasiini, gramicidiini S, polymyksiini E ja nisiini.
